El extenso territorio del municipio forma dos sectores bien diferenciados, ambos presididos por la sierra de la Albera, parte de la cual está protegida como Paraje Natural de Interés Nacional. Es sin duda un territorio por descubrir, a pie o en bicicleta. Su estratégica ubicación, a la vez frontera con Francia y delimitando las comarcas del Alt Empordà y del Vallespir (Cat. Nord), hace que la Jonquera se haya convertido en un lugar de paso, el cual merece hacer una parada en el camino y disfrutar del paraje natural que le rodea.